Włocławskie Centrum Edukacji Ekologicznej jest związkiem stowarzyszeń. Władze wybierane są na trzyletnią kadencję, najwyższą władzą jest Walne Zebranie, które zwoływane jest przez Zarząd (raz w roku jako Walne Zebranie Sprawozdawcze, co trzy lata jako sprawozdawczo-wyborcze). Zarząd Włocławskiego Centrum Edukacji Ekologicznej jest najwyższą władzą między Walnymi Zebraniami. Władze Centrum pełnią funkcje społecznie, za które nie jest pobierane wynagrodzenie. W Zarządzie zasiadają osoby będące przedstawicielami członków – osób prawnych.
Zarząd Włocławskiego Centrum Edukacji Ekologicznej dla sprawnego działania stowarzyszenia zorganizował biuro stowarzyszenia, którego pracą kieruje Dyrektor Biura.
